Испанец Фернандо Алонсо после рестарта дождевой гонки в Сепанге быстрее всех сориентировался и сумел вырваться на первое место, которое не уступил до конца гонки, находясь под постоянным прессингом Серхио Переса.
Старт принес немало сюрпризов. Шумахер провалился и пропустил вперед Грожана с Уэббером, затем врезался в прекрасно стартовавшего Кими Райкконена и откатился сначала на 13, а потом и на 15 позицию. Райкконен, которого тоже развернуло, стал 13-м. Но Ромэн Грожан недолго держался на четвертом месте, на четвертом круге его занесло, он не справился с управлением и вылетел в гравий, гонка для него оказалась закончена. Промежуточная резина совсем не держала, и первым это понял Фелипе Масса – его Ferrari сразу отправилась на пит-стоп, и механики сменили резину на полностью дождевую. За ним этот маневр проделали и все пилоты топ-команд, но выиграл от этого больше всех Серхио Перес, который сразу поднялся на третью позицию.
Первые два места не сменились – Хэмилтон и Баттон все так же уверенно возглавляли гонку, несмотря на небольшую заминку механиков команды McLaren на пит-стопе. На трассе появилась машина безопасности, так как воды стало слишком много, оставшийся шестым Феттель и Нико Росберг, который поднялся на седьмую позицию, вылетали на одном и том же месте. Спустя три круга езды за машиной безопасности, гонка была остановлена красными флагами, которые вывесил директор Чарли Уайтинг.
Некоторым пилотам вынесли традиционные зонтики, машину Хэмилтона накрыли специальным навесом, и механики старательно собирали влагу с болида Льюиса. Дождь, тем временем, шел все сильнее, другим пилотам также вынесли навесы, однако гонщики предпочитали прогуливаться по стартовой решетке и обмениваться впечатлениями с коллегами.
Спустя полчаса состоялся рестарт за машиной безопасности. Самую выгодную позицию на рестарте занял Жан Вернь из Toro Rosso – молодой француз не поехал менять резину на полностью дождевую, ливень стих, и он на промежуточных покрышках уходил в новый бой с седьмого места. Намотав еще четыре круга впустую, гонка совершила рестарт.
Перес попытался атаковать лидеров, но Баттон с Хэмилтоном его не пропустили. Алонсо прошел Марка Уэббера, впрочем, австралиец пропустил еще и своего напарника Феттеля. И вот тут началось самое интересное – гонщики поехали менять резину на промежуточную. Перес поднялся на первую строчку, Вернь стал третьим, а Фернандо опередил Хэмилтона после пит-стопа! Батон в атаке на Переса повредил себе носовой обтекатель, буквально воткнувшись в бок Sauber на торможении, и его McLaren поехал зализывать раны, вернувшись на трассу лишь 22-м.
Алонсо в этот момент возглавил сложную гонку в Сепанге. Феттель затянул с переходом на промежуточные шины и потерял две позиции, пропустив вперед Нико Росберга. Вернь, в результате всех перестановок умудрился потерять все свое преимущество и откатился на десятое место. Райкконен также прошел Уэббера и стал шестым. После рестарта Виталий Петров, выступающий за Caterham, выиграл одну позицию и ехал на 16-й позиции, также опережая своего более опытного напарника по команде Хейки Ковалайнена.
Перес сдерживал атаки Хэмилтона и давал возможность Алонсо оторваться все больше и больше. Фернандо, тем временем, штамповал быстрые круги и оторвался от остальных уже почти на шесть секунд. Феттель и Райкконен сумели пройти Нико Росберга, бросившись в погоню за тройкой лидеров. С болидом Росберга творилось явно что-то не то, чуть позже он пропустил и Уэббера. Массе по командному радио предложили накатывать на Росберга, но у бразильца возникли какие-то проблемы, и он пропустил вперед сначала ди Ресту, Верня и Сенну. У пилота Ferrari оказались сильно изношенными шины, и он был вынужден заехать на пит-стоп.
Откатившись на 16-ю позицию, Масса оказался позади Виталия Петрова. Бразильца стремительно настигал Дженсон Баттон, совершающий свой прорыв с 22 места. Гонщики McLaren и Ferrari устроили круговое шоу, но болид Дженсона был быстрее, и Фелипе был вынужден уступить на стартовой прямой. Начал терять ход и второй пилот Ferrari — Фернандо Алонсо. Серхио Перес отыграл у испанца весь временной отрыв и вплотную приблизился к двукратному чемпиону мира. Почти у всех пилотов от промежуточной резины остались одни лохмотья, но в боксы они не спешили, так как синоптики вновь обещали дождь. Алонсо не выдержал и заехал на пит-стоп для смены резины на жесткую. Вслед за ним туда посыпались остальные пилоты.
Смены лидеров пит-стопы не принесли: Алонсо все также лидировал, Перес вернулся вторым, а вот Хэмилтон подпустил к себе Феттеля ближе, так как механики McLaren долго не могли выпустить Льюиса из боксов. Sauber Переса творил что-то невообразимое – он по секунде отыгрывал у лидера гонки, настигая Ferrari Фернандо. Алонсо чудом стабилизировал отрыв в три секунды, но Sauber явно очень хорошо подготовили свой болид к этой гонке. Спустя пару кругов Перес уже висел в зеркалах у двукратного чемпиона мира, и тому приходилось прилагать серьезные усилия, чтобы удержать первую позицию.
При объезде круговых Феттель проколол свое заднее колесо о передний обтекатель Картикеяна и был вынужден отправиться на пит-лейн. Он вернулся только на 13-м месте в 15 секундах позади Шумахера. А вот Перес на последних кругах просто ошибся, прессингуя Алонсо, и в буквальном смысле пролетел поворот, не справившись с машиной. Шумахер смог войти в очковую зону из-за пит-стопа Мальдонадо и заработать одно очко, что, конечно же, явная неудача после старта с третьего места. Петров финишировал 16-м, почти на 30 секунд объехав Ковалайнена. Хэмилтон спокойно доехал третьим, Уэббер четвертым, а первое место и Гран-при Малайзии заслуженно досталось Фернандо Алонсо.